2003 yılında Fenerbahçe Spor Kulübü öncülüğünde kurulmuş özel bir eğitim kurumudur.Yönetim kurulu başkanı Ali Koç; Kurucu temsilcisi, Fenerbahçe Spor Kulübü Asbaşkanı Turhan Şahin'dir.
Aziz yıldırım, 2014-2015 eğitim öğretim yılı açılışında şu sözlerle Fenerbahçe Koleji'nin felsefesini açıklamıştı;
"bizim temelimiz budur. buradaki çocuklarımıza çağdaş, bilimsel eğitim vereceğiz. onlar da gelecekte bu ülkeyi idare eden insanlar, bireyler olacak. bizim beklentimiz onlardan bu ülkeyi idare eden, çağdaş, laik ve bu cumhuriyete sahip bireyler olmalarıdır. onlara inanıyorum, onlar da bu ülkenin belli noktalarında, idare eden gençler olacaktır. biz hepimiz fenerbahçeliyiz, fenerbahçe'nin bize verdiği en önemli şey, dürüstlüktür. biz yalan söylesek dahi, yalan söylediğimizi veya yanlış yaptığımızı kabul ederiz. dürüstlük de budur. benim tavsiyem genç çocuklarımıza hayatlarının her döneminde dürüst olsunlar."